自2009年1月1日起推行增值稅轉型改革的主要內容是：在維持現行增值稅稅率不變的前提下，允許全國范圍內（不分地區和行業）的所有增值稅一般納稅人抵扣其新購進設備所含的進項稅額，未抵扣完的進項稅額結轉下期繼續抵扣。為預防出現稅收漏洞，將與企業技術更新無關，且容易混為個人消費的應征消費稅的小汽車、摩托車和游艇排除在上述設備范圍之外。同時，作為轉型改革的配套措施，將相應取消進口設備增值稅免稅政策和外商投資企業采購國產設備增值稅退稅政策，將小規模納稅人征收率統一調低至3％，將礦產品增值稅稅率恢復到17％。（經測算，全國明年實施該項改革將減少當年增值稅收入約1200億元、城市維護建設稅收入約60億元、教育費附加收入約36億元，增加企業所得稅約63億元，增減相抵后將減輕企業稅負共約1233億元。）

與試點辦法相比，此次全國增值稅轉型改革方案在三個方面作了調整：一是企業新購進設備所含進項稅額不再采用退稅辦法，而是采取規范的抵扣辦法，企業購進設備和原材料一樣，按正常辦法直接抵扣其進項稅額；二是轉型改革在全國所有地區推開，取消了地區和行業限制；三是為了保證增值稅轉型改革對擴大內需的積極效用，轉型改革后企業抵扣設備進項稅額時不再受其是否有應交增值稅增量的限制。
    此次轉型改革適用對象是增值稅一般納稅人，改革后這些納稅人的增值稅負擔會普遍下降，而規模小、財務核算不健全的小規模納稅人（包括個體工商戶），由于是按照銷售額和征收率計算繳納增值稅且不抵扣進項稅額，其增值稅負擔不會因轉型改革而降低。
　　現行政策規定，小規模納稅人按工業和商業兩類分別適用6％和4％的征收率。因此為了平衡小規模納稅人與一般納稅人之間的稅負水平，促進中小企業的發展和擴大就業，需要相應降低小規模納稅人的征收率。考慮到現實經濟活動中小規模納稅人混業經營十分普遍，實際征管中難以明確劃分工業和商業小規模納稅人，對小規模納稅人不再區分工業和商業設置兩檔征收率，將小規模納稅人的征收率統一降低至3％。
　　小規模納稅人征收率水平的大幅下調，將減輕中小企業稅收負擔，為中小企業提供一個更加有利的發展環境。此外，財政部和國家稅務總局還將通過調高增值稅、營業稅起征點等政策在稅收上進一步鼓勵中小企業的發展。　

具體見中華人民共和國增值稅暫行條例（1993年12月13日中華人民共和國國務院令第134號發布　2008年11月5日國務院第34次常務會議修訂通過）和中華人民共和國消費稅暫行條例（1993年12月13日中華人民共和國國務院令第135號發布　2008年11月5日國務院第34次常務會議修訂通過）。